Эти семена представляют собой коричневые или светлые (за счет обработки известью) ядрышки размером 2 х 1,5 или 2 х 3 см, с морщинистой кожицей, жгуче-пряным сладковатым вкусом и утонченным своеобразным запахом. Употребляют мускатный орех в измельченном виде, натирая перед самым употреблением, чтобы пряность не потеряла свой аромат. Эту пряность добавляют в салаты, супы, супы-пюре, бульоны, блюда из творога и сыра, во вторые блюда из рыбы, баранины, телятины, говядины, свинины, домашней птицы и дичи, риса и грибов, в варенье, джемы и компоты из фруктов.
Мускат делает ярче вкус овощей: картофеля, брюквы, репы, белокочанной, краснокочанной, брюссельской, цветной капусты, кольраби, щавеля, шпината, лука, сельдерея, тыквы, брокколи, кабачков. Также мускатный орех кладут в блюда из яиц, круп, молока, муки: яичницу, омлет, кашу, пасту, фондю, лепешки, вареники, кнели, блинчики, оладьи, кулебяки, запеканки, кексы, клецки, пирожки, печенье, коврижки, пудинги, торты, куличи, крендели.

Пищевая промышленность использует мускатный орех при производстве колбас, сосисок, паштетов, пряной и маринованной сельди, рыбы горячего копчения, кондитерских, хлебобулочных, ликероводочных изделий, горчицы, кетчупов. Эта специя незаменима и в соусах домашнего приготовления: хлебном, сухарном, болонском, бешамель.
Пряность закладывают в основное блюдо за 2–3 минуты до конца тепловой обработки, а в тесто – при замесе. Норма закладки на порцию – не более 0,1 г. Мускатный орех входит в состав сложных приправ (карри, масала, болонская, франкфуртская смесь и др.), хорошо сочетается с черным, душистым перцем, перцем «чили», кардамоном, кориандром, майораном, корицей, тимьяном, тмином, имбирем, базиликом, укропом, мятой перечной и душицей

Применение в лечебных целях:
Мускатный орех широко используется и в современной фармацевтике, и в народной медицине. В зависимости от дозы эта специя действует как возбуждающее или, напротив, как мягкое успокаивающее средство.
Мускатный орех стимулирует кровообращение, улучшает работу кишечника, помогает при простуде, заболеваниях пищеварительного тракта, метеоризме, диарее, мигрени, доброкачественных опухолях, туберкулезе, варикозном расширении вен, артритах, ревматизме, остеохондрозе позвоночника, болезнях сердца, печени и селезенки. Пряность благоприятно воздействует на иммунную и нервную систему, нормализует сон и аппетит.